A mediados del siglo XIX se construye el primer faro en la Isla do Medio, que acaba llamándose Isla do Faro. En esa fecha las islas ya volvían a estar pobladas por algunas familias de O Morrazo que se dedicaban a la pesca y a la ganadería ovina y caprina.

En los años sesenta las islas se despueblan de nuevo, esta vez definitivamente. En los años setenta y ochenta comienzan a ser utilizadas como destino de descanso al que, sobre todo la gente joven de la zona, acudía en busca de naturaleza, mar, sol y libertad, lejos de la vigilancia social y familiar. Entonces en toda Galicia se practicaba la acampada libre.

 

 

La presencia masiva de personas y el resto de agresiones medioambientales, como la importante actividad industrial en la ría, los emisarios submarinos evacuando aguas con escasa o nula depuración... hacen que las islas sufran una rápida degradación.

Actualmente sólo están ocupadas por los servicios del parque, camping y restaurante y el acceso está restringido a un máximo de 2.200 personas diarias.

Las Cíes pueden también testimoniar el hundimiento de pesqueros que en muchas ocasiones se han saldado con la pérdida de numerosas vidas. 

 

En 1980 son declaradas Parque Natural y desde 1984 son propiedad de la Xunta de Galicia.